ในปี ค.ศ. 863 เอ็นจินได้รายงานผลจากการเดินทางไปยังประเทศจีนสมัยราชวงศ์ถังต่อราชสำนัก และเสนอขอ “หนังสือรับรองอย่างเป็นทางการในการเผยแผ่ธรรมะ” ซึ่งต่อมาเมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม ค.ศ. 866 ได้มีหนังสือเดินทาง (ใบรับรอง)ที่อนุญาตให้เผยแผ่คำสอนของ สองนิกายคือ ชินงอนและชิคันซึ่งเป็น หนังสือทางการที่ออกโดยรัฐ ทำให้คำสอนที่เอ็นจินได้ศึกษาเล่าเรียนมาได้รับการยอมรับอย่างเป็นทางการ
เอ็นจินได้ฟื้นฟูวัดมิอิเดระให้เป็นวัดสาขาของนิกายเท็นได โดยได้รับพระราชทาน วังจิจุเด็น จากจักรพรรดิเซวะ และสร้างหอโทอินขึ้นที่นั่น เพื่อเก็บรักษาคัมภีร์และรูปภาพอันล้ำค่าที่เอ็นจินนำมาจากจีน สิ่งของล้ำค่าเหล่านี้ได้รับการขนานนามว่า “คัมภัร์ที่จิโชไดชิอัญเชิญมาจากจีน” ซึ่งส่งผลให้เกิดการพัฒนาพระพุทธศาสนานิกายเท็นได ลัทธิมิกเคียว อย่างมาก ไม่เพียงแต่มีผลต่อการเผยแผ่ศาสนาเท่านั้น แต่ยังส่งประโยชน์อย่างใหญ่หลวงต่อการพัฒนาพุทธศาสนาญี่ปุ่นจนกลายเป็นรากฐานสำคัญของพระพุทธศาสนาในประเทศญี่ปุ่น คำสอนและความสำเร็จของเอ็นจินนี้ ทำให้วัดมิอิเดระมีเอกลักษณ์ที่โดดเด่นและเป็นวัดศูนย์กลางของนิกายเท็นได
ในปี ค.ศ. 868 เอ็นจินได้รับความไว้วางใจให้สืบสานพระพุทธศาสนานิกายเท็นได ในตำแหน่งสังฆราชของนิกายเท็นไดองค์ที่5
ในปี ค.ศ. 887 เอ็นจินแต่งตั้งพระสงฆ์สองรูปให้เป็นผู้พิทักษ์เทพเจ้าแห่งภูเขาไดฮิเอ และโคฮิเอ ซึ่งนับว่าเป็นการสถาปนาความเชื่อเรื่องเทพผู้พิทักษ์ภูเขาฮิเอ ต่อมา เอ็นจินได้เริ่มบูรณะปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่ วิหารของวัดเอ็นเรียคุจิตั้งแต่ปี ค.ศ. 882 ถึง ค.ศ. 888 โดยเปลี่ยนเป็น พระวิหารขนาดเก้าห้องมีผนังล้อมรอบทั้งสี่ด้านและมีชายคาชั้นนอกยื่นออกมา ซึ่งเป็นรูปแบบสถาปัตยกรรมที่ยังคงใช้มาจนถึงปัจจุบัน
เอ็นจินมรณภาพในปี ค.ศ. 891 สิริรวมอายุได้ 78 ปี เป็นเวลากว่า 23 ปีที่ดำรงตำแหน่งสังฆราช จึงกล่าวได้ว่าท่านเป็นผู้วางรากฐานและอุทิศชีวิตเพื่อความเจริญรุ่งเรืองของพระพุทธศาสนานิกายเท็นไดและวัดเอ็นเรียคุจิบนเขาฮิเอ