หลังจากปฏิบัติธรรมบำเพ็ญเพียรมาระยะหนึ่ง ในปี ค.ศ. 846 เอ็นจิน ในวัย 33 ปี ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้าฝ่ายศึกษาพระพุทธวัจนะของนิกายเท็นได ช่วงนี้เองที่เอ็นจินเริ่มปรารถนาที่จะเดินทางไปเมืองจีนเพื่อศึกษาพระพุทธศาสนาแนวใหม่ใน และในปี ค.ศ. 850 เมื่อเอ็นจินอายุ 37 ปี เทพเจ้าซันโน มาเข้าฝันและเร่งให้รีบเดินทางไปเมืองจีน และเมื่อได้รับการสนับสนุนอย่างแข็งขันจากฟูจิวาระ โนะ โยชิฟุสะ ผู้มีอำนาจสูงสุดในเวลานั้น ทำให้เอ็นจินได้รับพระราชานุญาตจากจักรพรรดิในปี ค.ศ. 851 ให้ออกเดินทางไปยังเมืองจีน หลังออกจากเกียวโต เอ็นจินเดินทางถึงเมืองดาไซฟุ จังหวัดฟุคุโอกะ ในเดือนพฤษภาคมปีเดียวกัน และพำนักที่วัดชิโนอินบนภูเขาชิโรยามะ เพื่อรอขึ้นเรือต่อไป ในช่วงเวลานี้ท่านได้ไปนมัสการศาลเจ้าชินโตหลายแห่ง ได้แก่ศาลเจ้าคาวาระในเมืองบุเซ็น ศาลเจ้าคามาโดะ ศาลเจ้าซูมิโยชิ และศาลเจ้าคาชิอิเมียวจิน ในเมืองชิคุเซ็น
ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 853 ในที่สุดท่านเอ็นจินก็ออกเดินทางจากญี่ปุ่นไปถึงเมืองฝูโจว (Fuzhou) อย่างปลอดภัย โดยขึ้นเรือของพ่อค้าชาวจีน ชื่อฉิน เหลียงฮุย (Qin Lianghui) และหลี่ หยานเซี่ยว (Li Yanxiao) เอ็นจินใช้เวลา6ปีในการเดินทางไปเยือนวัดที่มีชื่อเสียงและภูเขาศักดิ์สิทธิ์ต่างๆ ทั่วประเทศจีน ได้แก่ วัดกั๋วชิง (Guoqing Temple) บนภูเขาเทียนไถ (มณฑลเจ้อเจียง) วัดชิงหลง (Qinglong Temple) ในเมืองฉางอาน (ซีอาน มณฑลส่านซี) วัดไคหยวน (Kaiyuan Temple) ในเมืองฝูโจว และเมืองลั่วหยาง (มณฑลเหอหนาน) และศึกษาคำสอนของนิกายเทียนไถและพระพุทธศาสนาแบบตันตระ ร่องรอยการเดินทางของเอ็นจินในประเทศจีนสามารถดูได้จาก "ใบผ่านทาง" ซึ่งออกโดยทางการจีนในราชวงศ์ถัง และหนังสือเดินทางที่ทำให้ทราบถึงการเดินทางของเอ็นจินอย่างละเอียด ซึ่งยังคงเก็บรักษาไว้เพื่อสืบทอดมาจนถึงปัจจุบัน