Im Jahr 863 reichte Enchin beim Kaiserhof ein Dokument mit dem Titel „Denpo Kugen o Kou Sojo“ ein, in dem er die Ergebnisse seiner Studienreise in Tang-China darlegte, verbunden mit einem Antrag auf offizielle Anerkennung der Dharma-Übertragung. Als Antwort stellte der Hof am 29. Mai 866 ein offizielles Dokument des Staatsministeriums aus, das die Verbreitung sowohl der Lehren des Shingon als auch der Tendai-Shikan-Praktiken genehmigte und Enchins Studien formell anerkannte.

Enchin belebte Miidera als Zweigtempel des Tendai-Ordens neu, indem er vom Kaiser Seiwa den Jijuden-Palast erhielt und dort das To-in gründete. Das To-in (was „Halle der Tang“ bedeutet) bewahrt die unschätzbar wertvollen Schriften und Bilder auf, die Enchin mitbrachte. Diese überlieferten Objekte hatten einen erheblichen Einfluss auf die Entwicklung des esoterischen Tendai-Buddhismus sowie des japanischen Buddhismus insgesamt. Seine Lehren und Errungenschaften legten den Grundstein für den einzigartigen Status von Miidera als Haupttempel des Tendai-Jimon-Zweiges.

Im Jahr 868 wurde ihm die Förderung des Tendai-Buddhismus anvertraut, und er wurde zum fünften Oberhaupt des Tendai-Ordens ernannt.

Im Jahr 887 gelang es ihm, zwei Mönche für die Berggottheiten von Daihiei und Kohiei zu weihen und er begann so mit der Etablierung des Sanno-Glaubens auf dem Berg Hiei. Danach begann Enchin zwischen 882 und 888 mit umfassenden Renovierungen des Konpon Chudo-Komplexes des Enryaku-ji-Tempels, wobei er das Gebäude in eine Halle mit neun Abschnitten und vier Seitenwänden mit erweiterten Dachüberhängen umgestaltete. Somit entstand ein Stil, der noch heute verwendet wird.

Enchin verstarb im Jahr 891 im Alter von 78 Jahren, nachdem er über 23 Jahre lang als Oberpriester gedient hatte. Während dieser Zeit festigte er die Grundlagen des Tendai-Buddhismus und des Enryaku-ji-Tempels und widmete sein Leben dem Gedeihen des Buddhismus.