EPISODE 04三井寺的復興
貞觀5年（863年），圓珍向朝廷提出了關於入唐求法成果的「請傳法公驗奏狀」。作為回應，朝廷於貞觀8年（866年）5月29日以太政官牒的形式發布了公驗（證明書），正式批准弘揚真言與止觀二宗，至此圓珍所學的教法正式獲得國家承認。
特別的是，圓珍將三井寺作為天台別院進行復興，從清和天皇那裡獲賜仁壽殿，並在三井寺中建立了唐院。唐院裡包含了圓珍請來的珍貴文獻圖像類，後世稱之為「智證大師請來本」，對天台密教的興盛以及日本佛教的發展產生了深遠的影響。這些由圓珍引入的教義和事蹟，後來成為三井寺作為天台寺門宗的總本山，確立其獨特地位的基礎。
貞觀10年（868年），圓珍被被託付了進一步壯大天台宗的重任，成為第5代天台座主。
仁和3年（887年），他為大比叡和小比叡兩神獲賜兩位年分度者，為比叡山的山王信仰立下了基石，並開始對延暦寺根本中堂進行大規模改建，從元慶6年（882年）到仁和4年（888年），建造了一座9間4面帶有孫庇的佛堂。這個由圓珍確立的樣式流傳至今。
寬平3年（891年），圓珍逝世，享年78歲，擔任座主職務長達23年，使天台宗和比叡山延暦寺的基礎更加穩固，為佛法的繁盛做出了巨大貢獻。