Il 29 ottobre 891, nel suo letto di morte, Enchin prese in mano la sua stola cerimoniale “kesa”, si sciacquò la bocca con dell’acqua e in pace lasciò questo mondo all’età di 78 anni. Da quando a 15 anni era salito sul Monte Hiei aveva dedicato tutta la sua vita al Buddhismo.
All’avvicinarsi della sua fine, Enchin radunò i suoi discepoli e li istruì riguardo al suo funerale e alla sua cremazione dichiarando: “Se i precetti e le pratiche del Buddha vengono trasmessi, che importanza può avere il fatto della mia morte?”. Da allora, per oltre mille anni gli insegnamenti di Enchin sono stati trasmessi dai suoi discepoli e numerosi suoi scritti e documenti sono conservati e tramandati ancora oggi presso il Miidera. Tra di essi sono compresi una lista di importanti questioni riguardanti gli affari ed i rituali del tempio, compilata da Enchin per affidarla al suo successore (Byochu Gonjosho, Dichiarazione nella malattia), ed un codice di condotta (Seikaimon) per i suoi discepoli dell’anno 888, quando Enchin aveva 75 anni . Entrambi i documenti sono suoi manoscritti.

Circa dieci anni dopo la morte di Enchin, il Professore di letteratura Miyoshi Kiyoyuki, che con lui aveva avuto una profonda amicizia, scrisse una sua biografia. Questo documento racconta che Enchin fu impegnato nella correzione delle bozze di un commentario sul Sutra del Nirvana fino alla mattina del suo ultimo giorno, fatto che illustra quanto la sua vita fosse dedicata allo studio delle opere Buddhiste e quanto egli desiderasse conoscere profondamente il Buddhismo. Nel 927 l’Imperatore Daigo lo onorò con il titolo postumo di “Chisho Daishi” e da allora il nome di Chisho Daishi Enchin continua a risplendere nella storia del Buddhismo giapponese.