El 29 de octubre de 891 Enchin, ya en su lecho de muerte, se aseó, tomo su estola para las ceremonias y murió serenamente a la edad de 78 años. Desde aquel ascenso al monte Hiei con 15 años dedicó toda su vida al budismo.

Cuando preveía su muerte, Enchin reunió a sus discípulos, instruyéndolos en los ritos funerarios y la cremación con estas palabras: «¿Qué importa mi muerte si las enseñanzas y prácticas de Buda siguen trasmitiéndose?». Durante más de mil años las enseñanzas de Enchin se han venido trasmitiendo a través de sus discípulos, y numerosas escrituras y documentos se conservan y siguen trasmitiéndose desde Miidera. Entre estos documentos hay una lista de cuestiones importantes compiladas por Enchin relativas a la administración del templo y los rituales para su sucesor, así como un código de conducta para sus discípulos redactado en el año 888 cuando veía cerca su final, a la edad de 75 años. Ambos documentos manuscritos por él.

Una década tras su muerte, en 902, Miyoshi Kiyoyuki, profesor de literatura con quien Enchin mantuvo estrecha relación, escribió su biografía. Los documentos cuentan como Enchin se dedicó a revisar un comentario del Sutra del Nirvana hasta la misma mañana de su fallecimiento, ilustrando su dedicación durante toda la vida al estudio de las escrituras budistas y su deseo de profundizar en la sabiduría del budismo. En 927 el emperador Daigo honró su figura con el título póstumo de Chisho Daishi, un nombre que continúa brillando en la historia del budismo japonés.