EPISODE 04三井寺的复兴
贞观5年（863年），圆珍向朝廷提出了关于入唐求法成果的“请传法公验奏状”。作为回应，朝廷于贞观8年（866年）5月29日以太政官牒的形式发布了公验（证明书），正式批准弘扬真言与止观二宗，至此圆珍所学的教法正式获得国家承认。
特别的是，圆珍将三井寺作为天台别院进行复兴，从清和天皇那里获赐仁寿殿，并在三井寺中建立了唐院。唐院里包含了圆珍请来的珍贵文献图像类，后世称之为“智证大师请来本”，对天台密教的兴盛以及日本佛教的发展产生了深远的影响。这些由圆珍引入的教义和事迹，后来成为三井寺作为天台寺门宗的总本山，确立其独特地位的基础。
贞观10年（868年），圆珍被被托付了进一步壮大天台宗的重任，成为第5代天台座主。
仁和3年（887年），他为大比叡和小比叡两神获赐两位年分度者，为比叡山的山王信仰立下了基石，并开始对延历寺根本中堂进行大规模改建，从元庆6年（882年）到仁和4年（888年），建造了一座9间4面带有孙庇的佛堂。这个由圆珍确立的样式流传至今。
宽平3年（891年），圆珍逝世，享年78岁，担任座主职务长达23年，使天台宗和比叡山延历寺的基础更加稳固，为佛法的繁盛做出了巨大贡献。