Ang istilong Shinden-zukuri ay nilikha sa aristokratikong lipunan sa panahon ng Heian na binuo alinsunod sa transisyon ng lipunan. Mula sa panahon ng Kamakura, ang istilo ng arkitektura nito ay inangkop sa buhay ng mga mandirigmang samurai na nakakuha ng kapangyarihan, at partikular itong binago para sa pangangailangan ng pagkakaroon ng mga panauhin at mga seremonya. Naimpluwensyahan din ito ng istilong arkitektura ng Budismong Zen mula sa Tsina, at ang kakaibang istilo nito ay unti-unting ginamit sa mga bahay ng mga pamilyang militar bilang shoin-zukuri.

Si Yamaoka Doami Kagetomo (1540–1603) ay isang punong mandirigma sa pagitan ng panahon ng Sengoku at ng panahon ng Azuchi-Momoyama. Siya ay isinilang bilang ikaapat na anak ni Yamaoka Kageyuki, isang Mimasaka-no-kami (isang opisyal sa Mimasaka) at ang namamay-ari ng Kastilyo ng Seta sa Probinsya ng Omi (na ngayon ay Seta sa Lungsod ng Otsu). Siya ay naging monghe ng Templo ng Kojo-in sa Templo ng Miidera na itinatag ni Sukehiro, isang ninuno ng pamilyang Yamaoka at tinawag din siyang Senkei. Nang maglaon, nagsilbi siya kay Ashikaga Yoshiaki at Oda Nobunaga. Pinagsilbihan din niya si Toyotomi Hideyoshi bilang isang Otogi-shu (tagapagkuwento) at tinawag siyang Doami. Pagkatapos ng Digmaan ng Sekigahara noong ika-6 na taon ng Keicho (1601), ginawaran siya ng lupang nagkakahalaga ng 9,000 koku (sinaunang yunit ng produksyon ng bigas) at pinangasiwaan ang grupo ng Koga-gumi. Noong ika-8 taon ng Keicho (1603), siya ang naging unang pyudal na pinuno ng lupain sa Futto ng Hitachi (kasalukuyang Futto, Inashiki City sa Ibaraki Prefecture) na nagkakahalaga ng 10,000 koku.

Ang shogunate na itinatag ni Tokugawa Ieyasu sa Edo (na ngayon ay Tokyo) noong ika-8 taon ng Keicho (1603). Tumagal ito ng 265 taon, may 15 shogun, hanggang sa ibalik ang pamamahalang imperyal ni Tokugawa Yoshinobu noong ika-3 taon ng Keio (1867). Ang posisyon ng tairo (dakilang nakakatanda o great elder), roju (matandang myembro ng shogunate) at wakadoshiyori (susunod sa rango sa ibaba ng roju) ay hinirang bilang administrasyon ng gobyerno (iregular ang posisyon ng tairo). Ang san-bugyo (tatlong administrador) kasama ang jisha-, machi- at kanjo-bugyo ay itinalaga upang harapin ang mga paglilitis at pangangasiwa ng mga templo, shrines at teritoryo. Maliban sa mga iyon, ang ometsuke at metsuke ay itinalaga upang subaybayan ang mga gawain ng pamahalaan.

Si Heinouchi Masanobu (1583-1645) ay isang dalubhasang karpintero noong unang bahagi ng panahon ng Edo. Ipinanganak sa Naga-gun, Probinsya ng Kii (na ngayon ay Wakayama Prefecture). Siya ay kasangkot sa gawaing pagtatayo ng mga gusali para pamilyang Toyotomi at Tokugawa kasama ang kanyang ama na si Yoshimasa. Noong 1632, hinirang siya ng Edo Shogunate bilang isang dalubhasang karpintero na responsable para sa mga bagay na may kinalaman sa arkitektura at konstruksiyon. Naging pinuno ng paaralan ng Shitennoji, isang grupo ng mga experto, na nagtuturo ng kanilang husay sa pagtatayo ng mga gusali ng templo at shrine sa istilong Hapon. Kilala rin siya bilang may-akda ng aklat ng disenyo ng arkitektura, Shomei, kung saan ipinakita ang mga lihim ng mga pamamaraan sa arkitektura.

Ang aklat na naglalaman ng mga lihim ng mga pamamaraan sa arkitektura na inakda noong ika-13 taon ng Keicho (1608) ni Heinouchi Masanobu, na isang dalubhasang karpintero noong unang bahagi ng panahon ng Edo. Ang ganitong uri ng aklat sa arkitektura ay tinatawag na kiwari-sho, at ang kanyang aklat na Shomei ay kumakatawan sa kiwari-sho.

Ang panahon nang ang angkan ng Ashikaga ay naluklok sa kapangyarihan at itinayo ang shogunate sa Muromachi, Kyoto. Ito ay tumutukoy sa humigit-kumulang 180 taon mula sa pagkakaisa ng Northern at Southern Courts noong ika-3 taon ng Meitoku (1392) hanggang sa natalo ang ika-15 shogun na si Yoshiaki ni Nobunaga Oda noong unang taon ng Tensho (1573). Ang huling yugto ng Muromachi ay dumating pagkatapos ng Kudeta ng Meio ay tinatawag ding panahon ng Sengoku. Mayroon ding teorya na ang Northern at Southern Courts (1336-1392) ay kasama sa unang bahagi ng panahon ng Muromachi.

Ang bahay sa bundok ni Ashikaga Yoshimasa. Ang kasalukuyang Templo ng Ginkakuji (Silver Pavillion sa Kyoto).