Phong cách Shinden-zukuri hình thành từ xã hội quý tộc thời Heian được phát triển để phù hợp với quá trình chuyển đổi của xã hội. Từ thời Kamakura trở đi, phong cách kiến trúc này đã được điều chỉnh để phù hợp với cuộc sống của các chiến binh samurai nắm thực quyền, và đã được đặc biệt sửa đổi để tiếp đón khách và tổ chức các buổi lễ. Phong cách này cũng bị ảnh hưởng bởi phong cách kiến trúc của Phật giáo Thiền tông từ Trung Quốc, và phong cách độc đáo của nó dần dần được áp dụng cho các ngôi nhà ở của các gia đình quân nhân với tên gọi shoin-zukuri.

Yamaoka Doami Kagetomo (1540-1603) là một võ tướng giữa thời Sengoku (Chiến Quốc) và thời Azuchi-Momoyama. Ông sinh ra là con trai thứ tư của Yamaoka Kageyuki. Yamaoka Kageyuki là một Mimasaka-no-kami (một quan chức ở Mimasaka) và cũng là chủ của lâu đài Seta ở tỉnh Omi (Seta, thành phố Otsu). Đầu tiên ông trở thành thầy tu của Kojoin thuộc Chùa Miidera do Sukehiro - tổ tiên của gia tộc Yamaoka thành lập, và được gọi là Senkei. Sau đó, ông phụng sự Ashikaga Yoshiaki và Oda Nobunaga. Ông cũng là một cận thần của Toyotomi Hideyoshi với tư cách là Otogi-shu (người kể chuyện) và được còn gọi là Doami. Sau trận chiến Sekigahara năm 1601, ông được Tokugawa Ieyasu ban tặng khu đất trị giá 9.000 koku (đơn vị đo thể tích lúa thời cổ đại) và Đội bắn súng Koga. Năm 1603, ông trở thành lãnh chúa phong kiến đầu tiên của vùng Hitachi Futto (ngày nay là Futto, thành phố Inashiki thuộc tỉnh Ibaraki) trị giá 10.000 koku.

Mạc Phủ được Tokugawa Ieyasu thành lập ở Edo (Tokyo ngày nay) vào năm 1603. Mạc Phủ tồn tại 265 năm, với 15 tướng quân, cho đến khi Tokugawa Yoshinobu khôi phục quyền cai trị của triều đình vào năm 1867. Vị trí của tairo (đại trưởng lão), roju (các thành viên cấp cao của Mạc phủ) và wakadoshiyori (vị trí tiếp theo dưới roju) được bổ nhiệm làm quản lý chính quyền (vị trí của tairo là không thường xuyên). San-bugyo (ba người quản trị) bao gồm jisha-, machi- và kanjo-bugyo được giao trách nhiệm giải quyết các vụ kiện và quản lý các ngôi chùa, đền thờ và lãnh thổ. Ngoài ra còn có ometsuke và metsuke là những người được giao nhiệm vụ giám sát các công việc của chính quyền.

Heinouchi Masanobu (1583–1645) là một thợ mộc bậc thầy vào đầu thời kỳ Edo. Ông đến từ huyện Naga thuộc tỉnh Kii (tỉnh Wakayama ngày nay) và tham gia các công trình xây dựng cho gia đình Toyotomi và gia tộc Tokugawa cùng với cha mình là Yoshimasa. Năm 1632, Mạc phủ Edo bổ nhiệm ông làm thợ cả chịu trách nhiệm về các vấn đề kiến trúc và xây dựng, người đứng đầu trường phái Shitennoji, một nhóm nghệ nhân, đã truyền lại kỹ thuật xây dựng các đền chùa theo phong cách Nhật Bản. Ông cũng được biết đến là tác giả của sách thiết kế kiến trúc Shomei, trong đó ghi lại những kỹ thuật kiến trúc bí truyền.

Sách về kỹ thuật kiến trúc bí mật được viết vào năm 1608 bởi Heinouchi Masanobu, một thợ mộc bậc thầy của Mạc phủ Edo. Loại sách thiết kế kiến trúc này được gọi là kiwari-sho, và cuốn sách hướng dẫn sử dụng Shomei của ông đại diện cho kiwari-sho.

Đây là thời kỳ gia tộc Ashikaga nắm quyền và thành lập Mạc phủ ở Muromachi, Kyoto. Thời kỳ này kéo dài khoảng 180 năm kể từ năm 1392 khi Bắc Triều và Nam Triều hợp nhất cho đến năm 1573 khi Yoshiaki - Tướng quân thứ 15 bị đánh bại bởi Oda Nobunaga. Thời kỳ hậu Muromachi hình thành sau Cuộc đảo chính Meio còn được gọi là thời kỳ Chiến quốc. Cũng có giả thuyết cho rằng thời kỳ đầu của thời Muromachi bao gồm cả thời Bắc Nam Triều (1336–1392) .

Biệt thự của Ashikaga Yoshimasa. Hiện nay là chùa Ginkakuji.