ในวันที่ 29 ตุลาคม ค.ศ. 891 ขณะเอ็นจินใกล้จะมรณภาพ ท่านได้ ถือผ้าจีวรไว้ในมือ บ้วนปากด้วยน้ำและจากไปอย่างสงบด้วยวัย 78 ปี นับตั้งแต่ขึ้นภูเขาฮิเอเมื่ออายุ 15 ปี ท่านได้อุทิศทั้งชีวิตให้กับพระพุทธศาสนามาโดยตลอด
เมื่อใกล้ถึงวาระสุดท้าย เอ็นจินได้รวบรวมเหล่าศิษย์และสั่งเสียเกี่ยวกับพิธีศพและการฌาปนกิจศพของท่าน โดยกล่าวว่า "หากคำสอนและการปฏิบัติธรรมของพระพุทธเจ้าได้รับการเผยแผ่สืบทอดต่อไป ความตายของข้าก็ไม่ใช่เรื่องสำคัญอันใด" เป็นเวลากว่าพันปีแล้วที่คำสอนของเอ็นจินได้รับการสืบทอดโดยเหล่าศิษย์ของท่าน และมีพระคัมภีร์และเอกสารจำนวนมากที่ได้รับการทำนุบำรุงและเก็บรักษาไว้ที่วัดมิอิเดระ ในบรรดาเอกสารเหล่านี้มี “บันทึกที่เขียนขณะอาพาธ” ที่เอ็นจินเขียนสาระสำคัญเป็นข้อ ๆ เกี่ยวกับกิจการของวัดและพิธีกรรมต่างๆ เพื่อฝากฝังไว้กับผู้สืบทอดที่ท่านไว้วางใจ และ“ศีลของสงฆ์” ซึ่งเอ็นจินเขียนในปี ค.ศ. 888 เมื่ออายุ 75 ปี เพื่อมอบให้กับบรรดาศิษย์ ซึ่งเอกสารทั้งสองชิ้นนี้เป็นบันทึกที่เขียนด้วยลายมือของท่านเอง
ประมาณหนึ่งทศวรรษหลังจากที่ท่านมรณภาพ ในปี ค.ศ. 902 นักปราชญ์ มิโยะชิ คิโยะยูกิ ซึ่งเป็นสหายคนสนิทของเอ็นจิน ได้เขียน “ชีวประวัติของเอ็นจิน เจ้าอาวาสวัดเอ็นเรียคุจิแห่งนิกายเท็นได” เอกสารดังกล่าวระบุว่า เอ็นจินมีส่วนร่วมในการพิสูจน์อักษร “อรรถกถาพระไตรปิฎกมหาปรินิพพานสูตร” จนถึงเช้าวันสุดท้ายของชีวิต ซึ่งแสดงให้เห็นถึงการอุทิศตนตลอดชีวิตของท่านในการศึกษาพระคัมภีร์ทางพระพุทธศาสนาและมีความเชี่ยวชาญในพระพุทธศาสนา ในปี ค.ศ. 927 จักรพรรดิไดโงะ ได้พระราชทานสมัญญานามว่า "จิโชไดชิ" ซึ่งชื่อนี้ยังคงส่องแสงเรืองรองอยู่ในประวัติศาสตร์พระพุทธศาสนาของญี่ปุ่น