Pada tanggal 29 Oktober 891, Enchin, di ranjang kematiannya, membasuh mulutnya dengan air, memegang jubah kesa di tangannya, dan meninggal dunia dengan tenang pada usia 78 tahun. Sejak mendaki Gunung Hiei pada usia 15 tahun, dia telah mendedikasikan karyanya seumur hidup pada ajaran Buddha.
Saat Enchin mendekati akhir hidupnya, mengumpulkan murid-muridnya dan menyuruh mereka agar mengremasi sebagai cara pemakamannya, dan berkata, ``Jika ajaran agama Buddha disebarkan, kematian saya tidak penting?''
Selama lebih dari seribu seratus tahun, ajaran Enchin telah disebarluaskan oleh murid-muridnya, dan banyak sutra serta dokumen yang disimpan tetap dijaga dan disampaikan di Kuil Miidera sampai sekarang. Di antara dokumen-dokumen tersebut ada ``Pernyataan saat Sakit (Byochu Gonjo-sho)", surat ini dibuat oleh Enchin yang menyadari bahwa kematiannya sudah dekat, menuliskan hal-hal penting seperti tugas dan upacara kuil, dan titip kepada penerus kepercayaannya, dan juga ada "Harta Nasional, Kode Etik (Seikaimon)” sebagai sila terakhirnya yang diberikan kepada murid-muridnya pada tahun 888, ketika Enchin berusia 75 tahun.

Mengenai kehidupan.Enchin yang hebat, pada tahun 902, lebih dari 10 tahun setelah kematiannya Enchin, Kiyoyuki Miyoshi, seorang profesor sastra yang memiliki persahabatan dekat dengan Enchin, menulis ``Tendai-shu Kuil Enryaku-ji Zasu Enchin Den (biografi)”. Buku ini menceritakan tentang bagaimana Enchin bekerja mengoreksi Sutra Nirwana hingga pagi hari kematiannya, dan menggambarkan dedikasi seumur hidupnya untuk mempelajari kitab suci Buddha dan keinginannya untuk menguasai agama Buddha. Pada tahun 927, Kaisar Daigo menghormatnya dengan memberikan gelar anumerta ``Chisho Daishi,'' dan nama Chisho Daishi Enchin terus bersinar dalam sejarah agama Buddha Jepang sampai sekarang.